1900 - 1945

Wszystko zaczęło się w lutym 1900 r. za sprawą berlińczyka Franza Johna, i osiemnastu innych graczy, którzy jako pierwsi przybyli do klubu. Drużyna zaczęła się rozrastać w 1907 r., kiedy Bayern przeniósł się do nowej siedziby, na Leopoldstrasse w Monachium. Ich pierwszym osiągnięciem było zdobycie pierwszego miejsca w Monachium, a na większy sukces czekali do 1910 r., kiedy to wygrali mistrzostwa wschodniego regionu. W następnym roku Bayern obronił tytuł. W tamtym okresie mieli już kadrowicza. Był nim Max Gaberl Gablonsky, który zadebiutował w przegranym 0:3 przez Niemcy meczu z Belgią. Wkrótce nastąpił szybki rozwój klubu. W 1920 r. Bayern miał już 700 członków i stał się tym, czym jest do dzisiaj - największym klubem w Monachium. W 1926 r. drużyna wygrała mistrzostwa południowych Niemiec, a w 1932 r. zdobyła swój pierwszy tytuł mistrzowski. Trenerem, organizatorem i menedżerem był wtedy Richard Dombi. Bayern stał się popularny w Niemczech. Wybuch II wojny światowej odwrócił jednak uwagę od piłki nożnej.

1945 - 1967

Po wojnie niemiecka piłka wymagała rekonstrukcji i odbudowy. W 1954 drużyna narodowa pod wodzą Seppa Herbergera zdobyła swój pierwszy tytuł mistrza świata, dość niespodziewanie pokonując w finale Węgry 3:2. W kadrze grał wtedy kapitan Bayernu Jakob Streitle, ale finał przesiedział na ławce rezerwowych, patrząc jak Fritz Walter i reszta drużyny pokonuje zespół węgierski. Minęło jeszcze trochę czasu, zanim w drużynie narodowej czołowe miejsca zajęli piłkarze Bayernu. Sytuacja nie zmienia się nawet po zdobyciu przez monachijską drużynę Pucharu Niemiec w 1957 r. Następnie nastąpił okres bez sukcesów. Wielkie zawiedzenie spotkało Bawarczyków, kiedy nie zostali dopuszczeni w 1963 r. do nowo powstałej Bundesligi. Ale już po dwóch latach Bayern pod wodzą Tschika Cajkovskiego wkroczył w okres dobrobytu, w którym rozwinęły się talenty takich graczy, jak Franz Beckenbauer, Sepp Maier czy Gerd Müller. Pierwszy sezon w Bundeslidze Bawarczycy zakończyli na trzecim miejscu. Beckenbauer i Maier trafili do drużyny narodowej, która wywalczyła srebro na Mistrzostwach Świata w 1966 r. W 1967 Bayern zdobył swój pierwszy tytuł w Europie. Pokonując po dogrywce Rangers F.C. 1:0 zdobył Puchar Zdobywców Pucharów, a zwycięskiego gola zdobył "Bulle" Roth w 109 minucie.

1968-1976

"Złote lata Bayernu"

W 1968 roku nastąpiła przebudowa. Branco Zebec zwolnił Cajkovskiego i wprowadził do drużyny kilka zakazów, mających na celu polepszenie gry piłkarzy. To nie mogło skończyć się dobrze, jednak kibice nie mieli powodu do narzekania. Tym razem Bayernowi udało się wygrać Mistrzostwo kraju i Puchar Niemiec. W międzyczasie w Bundeslidze pojawiła się Borussia Moenchengladbach, która w 1970 i w 1971 roku "odebrała" tytuł mistrza Bayernowi.

W 1972 roku, już na nowym obiekcie Monachijczycy mieli powody do świętowania. Strzelający wówczas dla Bayernu bramki Gerd Mueller ustanowił dotąd niepobity rekord. Zdobył 40 bramek w sezonie, a stosunek goli jego drużyny w ostatniej kolejce wyniósł 55:13, co również jest rekordem (Wówczas za wygrany mecz otrzymywano 2 pkt.). Drużyna FCB oprócz Mistrzostwa zdobyła jeszcze (w wygranym 2:1 meczu przeciwko 1 FC Koeln) Puchar Niemiec. Trenerem w tym zwycięskim sezonie był Udo Lattek. W następnych latach Bayern zdobył kolejne 2 trofea mistrza Niemiec, oraz co najważniejsze wygrał Ligę Mistrzów. Po przebyciu długiej drogi Monachijczycy spotkali w finale Atletico Madrid. Wtedy w ostatnich minutach meczu "Katsche" Schwarzenbeck wyrównał wynik na 1:1, zapewniając Bayernowi druga szanse w meczu rewanżowym, w Brukseli, gdzie FCB wygrał 4:0 (po dwie bramki strzelili Uli Hoeness i Gerd Mueller). W tym samym roku (1974) niemiecka reprezentacja wygrała 2:1 z Holandią finał MS. W składzie było aż sześciu Bawarczyków (Maier, Beckenbauer, Schwarzenbeck, Breitner, Hoeness i Mueller), z których Breitner (karny) i Mueller strzelili gole.

W roku 1975 Bayern powtórzył swój sukces. W wygranym 2:0 (Roth, Mueller) meczu z Leeds w Paryżu FCB triumfował w Lidze Mistrzów. W następnym sezonie klub z Monachium ponownie zwyciężył europejski Puchar (1:0 przeciwko St. Etienne w Glasgow, bramkę strzelił Roth). Dodatkowo Bayern w tym roku zdobył Puchar Świata (0:0 i 2:0 z Belo Horizonte). W tych udanych latach druzyną kierował Dettmar Cramer. Niestety po tylu sukcesach FCB do roku 1980 pauzował w Bundeslidze.

1977-1990

1977 był rokiem przemian, zarazem rokiem bez tytułów. Beckenbauer, a rok później Mueller wyjechali do USA kontynuować grę w tamtejszej lidze. W 1979 Uli Hoeness został menedżerem zespołu w wieku zaledwie 27 lat. Nowym trenerem został Pal Cernai, a prezydentem Willi O. Hoffman. Nastąpił lepszy okres w dziejach klubu. W 1980 Breitner i młody Rummenigge poprowadzili Bawarczyków do pierwszego od 6 lat mistrzostwa. W 1981 Bayern ponownie wygrał ligę i doszedł do finału Pucharu Mistrzów, gdzie jednak lepsza okazała się Aston Villa, wygrywając 1:0. W tym samym roku Niemcy przegrali finał Mistrzostw Świata z Włochami 1:3. Bramkę dla Niemców zdobył Breitner i jest on jedynym piłkarzem niemieckim, który celnie strzelił do siatki w dwóch finałach Mistrzostw Świata. W 1983 r. powrócił Udo Lattek; rok później Bayern zdobył Puchar Niemiec, pokonując po rzutach karnych Borussię Mönchengladbach. Lothar Matthäus strzelił w tym finale swojego ostatniego gola dla Borussii przed transferem do Monachium. Niedługo potem Rummenigge przeszedł do Interu Mediolan za rekordową wówczas sumę 11 milionów marek. W następnym roku Bayern ponownie zwyciężył w lidze. W 1987 doszedł do finału Pucharu Mistrzów, ale tak jak przed pięcioma laty przegrał, tym razem z FC Porto 1:2. W 1988 drużynę przejął Jupp Heynckes. Zbudował nowy zespół w oparciu o takich graczy, jak Matthäus, Bremhe, Eder, Hughes, Pfaff. W 1989 i 1990 zdobył mistrzostwo Niemiec, ale pozostawał nadal bez sukcesu w najważniejszym z europejskich pucharów; w tym samym czasie Niemcy zdobyli Mistrzostwo Świata z aż sześcioma graczami Bayernu w składzie.

1991-1999

Heynckes opuścił zespół w sezonie 91/92, a zastąpił go Søren Lerby. Ten jednak, nie odnosząc sukcesów, został wkrótce zastąpiony przez Ericha Ribbecka; Karl-Heinz Rummenigge i Franz Beckenbauer zostali wiceprezydentami klubu. W sezonie 93/94 Beckenbauer zastąpił pechowego Ribbecka i zdobył mistrzostwo kraju. Następnie zespół przejął Giovanni Trapattoni; Włoch, niezwykle popularny wśród graczy i w mediach, nie przyniósł oczekiwanych sukcesów. Doprowadził drużynę do półfinału Ligi Mistrzów (porażka z Ajaksem Amsterdam), ale w lidze zajął zaledwie 6. miejsce. Trapattoniego zastąpił Otto Rehhagel, który przyprowadził do zespołu kilku graczy, takich jak Klinsmann czy Sforza. On jednak też nie osiągnął zadowalających wyników i tymczasowo zastąpił go Beckenbauer. Po dramatycznym półfinale (2:2 w Monachium i 2:1 na Camp Nou) z Barceloną Bayern pod wodzą Cesarza sięgnął po Puchar UEFA, pokonując w finałowym dwumeczu Girondins Bordeaux (2:1 i 3:1). Po krótkim epizodzie trenerskim Beckenbauera do klubu powrócił Trapattoni. Dwa lata i dwa tytuły: mistrzostwo 1997 i Puchar Niemiec 1998. W 1998 roku Trapattoniego zastąpił utytułowany Ottmar Hitzfeld. Zdobył kolejne mistrzostwo Niemiec, a Puchar Mistrzów był niezwykle blisko. Po dramatycznej końcówce finału wygrał Manchester United F.C. 2:1 (2 gole Anglików po 90 minucie - Sheringham i Solskjaer), w tym samym roku Puchar Niemiec też był blisko, jednak dopiero po rzutach karnych wygrał Werder Brema.

2000-2003

W 2000 r. Bayern sięgnął po mistrzostwo kraju i zdobył również Puchar Niemiec. W 2001 r. Bawarczycy pokonali w finałowym meczu LM Valencię w rzutach karnych i tym samym osiągnęli to czego nie udało im się 2 lata wcześniej. Rok później monachijski klub zajmuje 3. miejsce w lidze, za Leverkusen i Borussią Dortmund W 2003 r. Bayern zdobył mistrzostwo Niemiec po raz 18. oraz Puchar Niemiec po raz 10.; królem strzelców ligi, na pożegnanie z klubem, został Brazylijczyk Giovanne Elber (21 bramek, wspólnie z Christensenem z VfL Bochum).

2003-2008

W 2004 roku Bayern doszedł do 1/8 finału Ligi Mistrzów gdzie zmierzył się z Realem Madryt. W pierwszym meczu po błędzie Olivera Kahna, który przepuścił strzał z rzutu wolnego Roberto Carlosa padł remis 1:1. Na Santiago Bernabeu lepszy był Real i Bayern pożegnał z Champions League. W Bundeslidze "Bawarczycy" musieli uznać wyższość Werderu Brema, zajmując ostatecznie 2 miejsce, natomiast z Pucharem Niemiec pożegnali się odpadając z drużyną 2. Bundesligi Alemannią Aachen. Po sezonie z klubem rozstał się Ottmar Hitzfeld, który prowadził Bayern od 1998 r. Nowym trenerem został mianowany Felix Magath, prowadzący wcześniej VFB Stuttgart. Zmieniło się również miejsce rozgrywania meczów, Bayern przeniósł się na Allianz Arene, zupełnie nowy stadion wybudowany na Mistrzostwa Świata 2006 r. w Niemczech. Na początku dzielił go z innym monachijskim klubem - TSV 1860, jednak latem 2006 r. z powodu kłopotów finansowych "Lwy" odsprzedały swoje udziały. W sezonach 2003/2004 i 2005/20006 zespół zdobywał dublet, jednak nie osiągał sukcesów w Lidze Mistrzów. Następny sezon okazał się dla bawarskiej drużyny katastrofalny - tylko 4. miejsce w lidze, które nie dawało możliwości wystąpienia w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, oprócz tego zespół nie zdobył żadnego trofeum. Z prowadzeniem drużyny już w trakcie sezonu pożegnał się Magath a jego miejsce zajął ponownie Ottmar Hitzfeld. Przed sezonem 2007/2008 gruntownie przebudowano drużynę. Do zespołu dołączyło 8 piłkarzy m.in. włoski snajper Luca Toni, gwiazda Bundesligi Miroslav Klose oraz Franck Ribery. Wzmocnienia te okazały się strzałem w dziesiątkę ponieważ "Bawarczycy" zdobyli w tym sezonie Puchar Ligi, Puchar Niemiec a także Mistrzostwo Kraju. W Pucharze UEFA osiągnęli półfinał, w którym boleśnie ulegli późniejszemu zdobywcy tytułu - Zenitowi St.Petersburg, remisując najpierw w Monachium 1:1 i przegrywając 0:4 w St Petersburgu. W trakcie sezonu Ottmar Hitzfeld zapowiedział pożegnanie z Bayernem i przyjął propozycje przejęcia reprezentacji Szwajcarii po Mistrzostwach Europy 2008. Nowym trenerem Monachijczyków od 1 lipca 2008 będzie była gwiazda niemieckiej piłki nożnej oraz były trener piłkarskiej Reprezentacji Niemiec - Jurgen Klinsmann.

2008-teraz